Программа обучения в аспирантуре ИЯФ СО РАН направлена на подготовку кадров по следующим научным специальностям: приборы и методы экспериментальной физики, теоретическая физика, физика плазмы, физика атомного ядра и элементарных частиц, физика пучков заряженных частиц и ускорительная техника. Обучение в аспирантуре ИЯФ СО РАН предполагает полную занятость аспиранта научной и учебной деятельностью.